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Illumina的16S宏基因组学流程是怎样的

    Illumina的16S宏基因组学流程以及水库中微生物群落的研究是与印第安纳大学—普渡大学印第安纳波利斯分校(IUPUI)的地球与环境科学中心以及公民能源集团合作开展的。结果揭示了水库中微生物群落的模式,这有望应用于评估环境对水质的影响。

    这项研究参照了16S宏基因组测序的文库制备指南来制备测序文库,它们针对16SrRNA基因的V3和V4可变区。双端测序在MiSeq系统上开展,而数据是采用BaseSpace?分析环境中的16SMetagenomicsApp分析的。

    水样是在一年内定期从印第安纳州印第安纳波利斯的EagleCreek水库采集的。我们分别从水库表面、3米深、6米深以及近底层采集独立的样本。采用Epicentre?DNA分离试剂盒从革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌的混合样本中获得高质量、无抑制剂的DNA,这些样本采自多个环境来源,包括水、土壤、粪便和堆肥。在这项研究中,DNA是利用Meta-G-Nome?DNAIsolationKit从27个水样中分离的。每个样本中大约提取出700ngDNA。

    Illumina减轻了测序数据分析的大部分复杂工作。遵循Illumina的流程,研究人员可在仪器或BaseSpace中分析MiSeq系统上产生的测序数据。MiSeqReporter软件能在测序仪上分析数据,也能在独立的计算机上分析。另外,在BaseSpace中,数据也能传输、分析、存储以及与合作者共享。按照16S的流程,BaseSpace最快在12小时内带来分析好的序列,而BaseSpace应用程序(app)让您访问到不断增加的分析工具。

    利用MiSeq系统中的16S宏基因组学流程,微生物学家在细菌群落的宏基因组研究中可达到物种水平的灵敏度。在这项研究中,我们利用Illumina的流程来研究水库中的微生物群落,揭开群落组成的变化。这项研究让生物学家能够利用新的方法,来研究环境对水源和水质的影响。16S宏基因组研究是MiSeq桌面式测序仪的多个应用之一。Illumina的解决方案在此过程中,从DNA分离到数据分析的每一步为研究人员提供支持,实现了微生物基因组探索的一系列应用。

    参考文献:利用MiSeq?系统开展16S宏基因组学研究

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